Het belangrijkste onderdeel bij Microsoft Endpoint Manager is de inrichting. Microsoft Endpoint Manager is namelijk de eerste beveiligingslaag voordat er toegang wordt gegeven tot gegevens. Op basis van het ingestelde beleid worden apparaten gecontroleerd of ze voldoen aan de gestelde beveiligingseisen. Denk dan aan het updatebeleid, periodiek scannen van een apparaat of andere beveiligingseisen die nodig zijn. Microsoft Endpoint Manager zorgt met de juiste instellingen ervoor dat apparaten alle beleidsinstellingen naleven. Dit geeft op een veilige manier toegang tot gegevens.

De werking van Microsoft Endpoint Manager is dus puur afhankelijk van de inrichting die wordt toegepast. Het is belangrijk om deze omgeving zo goed mogelijk in te richten, omdat dit een impact heeft op alle zakelijke apparatuur binnen de organisatie. Het vormt dus de eerste beveiligingslaag, waardoor de inrichting een cruciaal onderdeel is.